У нас в компании куплены лицензии и используется версия 5.1, к сожалению 4.5 я не пробовал, сравнить объективно не могу.
Но, к примеру, на сколько я понял, в 4.5 нет возможности настроить расписание с учетом региональных праздничных дней (для примера - в Бурятии есть свой праздничный день)или разное обеденное время для разных рабочих групп.
Нет, зря я влез в разговор, я не компетентен, пусть ответят специалисты, которые пользовались обеими версиями продукта.
PS
но если Вы спросите что Вас интересует, в силу своего небольшого опыта, с удовольствием постараюсь ответить.
PPS
Встречный вопрос, кто-нибудь интеграцию Service Desk-а и Jira делал?
Интересует концепция. Если интересно - можно "поднять" отдельную тему.