1. неееее, зачем так радикально, совсем не факт что поле серверу станет лучше. в некоторых релизах явы бываю проблемы работы с памятью, во вторых большая виртуака ещё не факт что поможет( -Xmx - vistual size ). правильно когда есть соотношение между физической и виртуальной. вот дока
http://java.sun.com/docs/hotspot/gc/ , хоть и старая но очень правильная и актуальня.
2. если они отдельные смысла в 1/3/4 нет --> 1/1/1.
3. на одном железе может быть поднято до 20 апп серверов( из док. НР). естественно если деф. порт 30999, то прибавь 1 получишь 31000 , читай внимательно "... это может быть и 4-й и 5-й....". надо деактивировать в HTTP, в ITP и SMTP оставить. в самом server_settings.xml важно изменить <PROPERTY NAME="METRICSPORT">6001</PROPERTY> на другой, иначе они(сервера) начнут ссорится из-за порта. кластеная система по НР-му "Join multiple server" - если один сервер падает, то клиент "замерзает" на некоторое время, потом сам переключается на др. рабочий сервер. пользователь это замечает только как торможение ("замерзает") клиента на 2-4 сек.